Millainen tutkimus on qPCR?

PCR-tutkimuksia tehdään tällä hetkellä 1 - 2 kertaa viikossa, jolloin niiden vastausajat ovat 1 - 5 vrk.

Mikä tarkoittaa PCR tutkimus?

Kvantitatiivinen PCR (Quantitative Polymerase Chain Reaction) on menetelmä, jolla voidaan mitata spesifisesti halutun DNA/RNA: n määrä näytteestä. Menetelmä perustuu kohdealueen tunnistamiseen ja monistamiseen.

Millainen näytemateriaali?

Näytteet voivat olla veri-, kudos-, uloste- tai poskisolunäytteitä. Analysoitava kohde-DNA/RNA voi olla peräisin viruksesta, bakteerista, sienistä tai itse luovuttajasta.

Mitkä ovat qPCR tutkimuksen edut?

• Menetelmällä pystytään spesifisesti tunnistamaan halutun patogeenin läsnäolo näytteestä ja lisäksi tarvittaessa pystytään helposti määrittämään patogeenin määrä.

• Testissä tunnistetaan patogeenin DNA/RNA alue ja näin ollen spesifisyys on todella korkea. PCR-testeissä ei ole samanlaista ongelmaa ristireagoinnin kanssa kuin serologisissa testeissä.

• PCR:llä pystytään tunnistamaan varhaiset ja mahdollisesti jopa latentit infektiot, sillä menetelmä ei ole riippuvainen vasta-aineiden muodostumiselle, toisin kuin yleensä serologiset testit.

• PCR:llä pystytään tunnistamaan erittäin herkästi pienikin määrä patogeenia näytteestä, sillä testin kulussa kyseisen patogeenin tunnistettavaa geeniä monistetaan moninkertaisesti.

PCR-menetelmän vaiheet

1. DNA: eristys

DNA:n eristys on PCR-diagnostiikassa kriittinen vaihe. DNA:n tulee olla tarpeeksi puhdasta qPCR-analyysin tekoon. DNA ei saa sisältää PCR:ä inhiboivia eli haittaavia tekijöitä. Olemme tarkkaan selvittäneet ja tutkineet eri DNA-eristysmenetelmiä  eri lähtömateriaaleista. Olemme vertailleet niitä toisiinsa ja valinnet kullekin lähtömateriaalille parhaan menetelmän.  Eristysmenetelmän valintaan vaikuttaa myös se, halutaanko tunnistaa viruksen genomia, bakteerin genomia tai mahdollisesti sienen genomia. Kaikille näille on omat olosuhteet valittava luotettavan lopputuloksen varmistamiseksi eristystä tehtäessä.

2. PCR analyysi, alukkeet ja ajo-olosuhteet

PCR-analyysin aikana eristetystä lähtömateriaalista monistetaan spesifisesti haluttua geeni-aluetta alukkeita apuna käyttäen.

Kohdealukkeet ovat suunniteltu niin, että ne tunnistavat halutun lajin uniikkeja alueita ja näin ollen tunnistus on äärimmäisen spesifinen tapahtuma. Riippuen tutkimuksesta on mahdollista suunnitella alukkeet, jotka tunnistavat tiettyjä esim. sienityyppejä tai  alukkeet pystytään suunnittelemaan niin, että ne tunnistavat vain spesifisesti yhden halutun organismin. Tunnistus tapahtuu kohdesekvenssin monistumista seuraamalla. Kaikkien analyysien ajo-olosuhteet ovat tarkkaan testattuja, jotta testin tarkkuus ja sitä kautta luotettavuus on saatu hiottua huippuunsa.

Kontrollit

Kontrolloimme DNA:n eristyksen onnistumista sisäisellä kontrollilla, joka tunnistetaan myös PCR-ajossa.  Näin voimme olla varmoja, että eristys on onnistunut. Tämän lisäksi analysoimme negatiivi-, positiivi-, sekä myös inhibitiokontrollin, jokaisessa tunnistusajossa. Inhibitiokontrollilla varmistamme, ettemme saa vääriä negatiivisia tuloksia, siksi että eristystapahtumassa olisi syntynyt PCR-reaktiota estäviä tuotteita.